執業中藥師證書領取后首次注冊有兩種情況：一、網上全程辦理；二、網上申報，窗口辦理。兩種注冊情況的流程不同，具體如下：

網上全程辦理流程：申請人登錄http://zyys.sfda.gov.cn【藥品監督管理總局執業藥師注冊平臺】→網上填寫個人基本信息→將材料掃描上傳進行網上申報→打印注冊申請表→網上提交注冊申請。

網上申報，窗口辦理流程：申請人提出注冊申請→注冊機構受理出具受理證明→審核申請材料→復審申請→許可決定簽發注冊證書→送達。

執業中藥師首次注冊材料如下：

1、《執業藥師首次注冊申請表》。按照要求填寫信息后，打印蓋章。

2、營業執照復印件（加蓋執業單位公章）。

3、縣級（含）以上醫院出具的本人6個月內的健康體檢表復印件（加蓋執業單位公章）。

4、《藥品經營許可證》或《藥品生產許可證》或《醫療機構執業許可證》復印件（加蓋執業單位公章）。

5、《執業藥師資格證書》原件。

6、《執業藥師繼續教育學分證明》原件。