北京大學藥學院始建于1941年引，原名為北京大學中藥研究所，1943年以此為基礎建立了北京大學醫(yī)學院藥學系，設本草專業(yè)和制藥專業(yè)；1952年醫(yī)學院獨立建院，隨之改名為北京醫(yī)學院藥學系，設藥學、藥物化學、應用化學（醫(yī)藥）三個專業(yè)；1985年隨學校更名為北京醫(yī)科大學藥學院，設藥學、藥物化學、藥理學三個專業(yè)。2000年4月原北京醫(yī)科大學和北京大學合并組建新的北京大學，隨之更名為北京大學藥學院。