畢業生的主要就業方向為管理機構和國家機關、醫學機構、國際制藥、保健品企業等，主要去向為研究機構，醫院影像、設備、臨床工程、信息中心等相關科室，醫療器械相關企業、事業單位，政府相關管理部門等。

生物醫學工程學科是應用最先進的理工科的理論與方法來研究人的生命現象與規律，因此其研究領域極其廣泛，其研究方向也非常多，在每一個方向上又有著非常寬廣的內容。因此，生物醫學工程領域也是今后幾十年內最容易出現理論突破和技術創新的學科領域之一。

同時現代醫學技術的進步是和生物醫學工程學的發展也是分不開的，由此可見生物醫學工程專業有廣闊的就業前景。

生物醫學工程專業可以說是個萬金油專業，本科階段的學習只是個基礎，如果想要深造，或是暫時就業前景比較嚴峻，可以選擇考研，各個學校的側重點不同，考研的科目也許會有變化。

生物醫學工程專業畢業生可在管理機構和國家機關，醫學機構（臨床研究、高度專業化的醫學護理，管理） , 在醫療器械的使用、銷售和服務上，研究所，大學（基礎研究，教學），國際制藥、保健品企業（管理、研究和開發），私人機構和醫生合作。

畢業生可直接參加高度專業化的醫學護理和解決臨床基礎研究的問題，由他們研制的器械和系統對于疾病的觀察、診斷、治療、緩解起著很重要的作用。