安徽醫科大學王牌專業有生物技術、臨床醫學、預防醫學、臨床藥學、護理學、醫學影像學、口腔醫學、藥學、醫學檢驗技術、公共事業管理等，以下是具體名單，供大家參考。
安徽醫科大學專業一覽表| 序號 | 學院 | 所含專業 |
| 1 | 基礎醫學院 | 基礎醫學、放射醫學 |
| 2 | 公共衛生學院 | 預防醫學、婦幼保健醫學、食品衛生與營養學、衛生檢驗與檢疫 |
| 3 | 口腔醫學院 | 口腔醫學 |
| 4 | 衛生管理學院 | 公共事業管理、勞動與社會保障、健康服務與管理（含中外合作辦學）、信息管理與信息系統 |
| 5 | 巢湖臨床醫學院 | 臨床醫學（農村訂單定向免費醫學生） |
| 6 | 精神衛生與心理科學學院 | 應用心理學、精神醫學 |
| 7 | 藥學院 | 藥學、中藥學、臨床藥學、藥物制劑 |
| 8 | 第一臨床醫學院 | 臨床醫學（“5+3” 一體化）、臨床醫學、麻醉學、醫學影像學、醫學影像技術、康復治療學、醫學檢驗技術 |
| 9 | 第二臨床醫學院 | 臨床醫學（“5+3” 一體化）、臨床醫學“5+3”一體化（兒科學）、臨床醫學、兒科學、眼視光醫學、康復治療學、麻醉學 |
| 10 | 護理學院 | 護理學、助產學、養老服務管理 |
| 11 | 法學院 | 法學 |
| 12 | 生命科學學院 | 生物科學、生物技術 |
| 13 | 生物醫學工程學院 | 生物醫學工程、醫學信息工程、智能醫學工程 |
省級特色專業：生物技術、口腔醫學、護理學、臨床醫學（康復醫學）、衛生檢驗與檢疫、公共事業管理、麻醉學等。
省級重點學科（19個）：藥理學、病原生物學、免疫學、病理學與病理生理學、兒少衛生與婦幼保健學、口腔臨床醫學、社會醫學與衛生事業管理、中藥學、老年醫學、內科學（消化系病、傳染病、血液病）、神經病學、外科學（泌尿外、骨外、普外）、婦產科學等。
國家臨床重點專科（12個）：呼吸內科、神經內科、泌尿外科、皮膚科、急診科、麻醉科、病理科等。