化學式是用元素符號表示純凈物組成及原子個數的式子。分子式是用元素符號表示純凈物（單質、化合物）分子的組成及相對分子質量的化學組成式。

1、式子不同

化學式：化學式是用元素符號表示純凈物組成及原子個數的式子。

分子式：分子式是用元素符號表示純凈物（單質、化合物）分子的組成及相對分子質量的化學組成式。

2、構成不同

化學式：純凈物都有一定的組成，都可用一個相應的化學式來表示其組成（每種純凈物質的組成是固定不變的，所以表示每種物質組成的化學式只有一個）。有些化學式還能表示這種物質的分子構成，這種化學式也叫作分子式。化學式僅表示純凈物，混合物沒有化學式。

分子式：有些物質確實由分子構成，在分子內原子間以共價鍵聯結，而分子間以范德華力或氫鍵聯結，這些物質就具有分子式。如氧分子用O?表示，氯化氫分子用HCl表示。

分子式不僅表示了物質的組成，更重要的，它能表示物質的一個分子及其成分、組成（分子中各元素原子的數目、分子量和各成分元素的重量比）。

3、包含不同

化學式：化學式包含分子式，分子式是用元素符號表示純凈物（單質、化合物）的分子的組成及相對分子質量的化學式。而化學式是用元素符號表示物質組成的式子。

分子式：通常情況下，分子晶體有分子式，離子晶體、原子晶體和金屬沒有分子式。分子晶體的化學式叫做分子式。